Não obstante, os nutrientes também podem ajudar a planta a proteger-se contra doenças. Um programa de nutrição equilibrado garantirá que a estrutura celular das plantas será robusta e resistente, ao mesmo tempo que se evitam concentrações de nutrientes daninhos que podem ser prejudiciais para a saúde. Existem muitos exemplos de nutrientes que podem ser indicados pelo seu papel na saúde vegetal como azoto, potássio, manganésio, zinco, cobre e molibdénio.
Carências de azoto predispõem a planta a uma grande variedade de infeções. Deficiências de potássio levam a plantas pobres e atrofiadas, sobretudo em tempos de seca. O stress fisiológico é mais prejudicial se o potássio for um fator limitativo – danos por geadas tornam-se mais graves, áreas encharcadas demorarão mais a ser recuperadas e as plantas murcharão precocemente e ficarão flácidas por mais tempo durante as secas.
Os cultivos tornam-se mais propensos a doenças e pragas, sobretudo onde a disponibilidade de azoto e potássio estiver desequilibrada. Como resultado obtêm-se plantas débeis e crescimento débil com concentrações mais altas de compostos solúveis de azoto e hidratos de carbono simples, uma fonte alimentar que predispõe para doenças.
Outro resultado de deficiência de potássio é o das paredes celulares mais delgadas com menor resistência mecânica contra as pragas. Com a revisão de mais de mil ensaios, demonstrou-se que, com baixos níveis de potássio e fornecimento de azoto desequilibrado, a aplicação de potássio reduzirá infeções bacteriológicas e doenças em mais de 70 em 100 casos. Também se verificou que as deficiências de potássio podem aumentar as infeções de ferrugem de trigo.
Demonstrou-se que o zinco reduz o nível de infeções de rhizoctonia (Rhizoctonia cerealis), e deficiências de cobre levam a pólen estéril, abrindo o caminho a infeções de cravagem (Claviceps purpurea).
Vários ensaios associam o manganésio ao controlo de doenças, o qual exerce um efeito inibidor direto no crescimento de fungos. O manganésio também influi na produção de lignina e suberina, dando células mais resistentes às infeções. Há uma boa evidência de que apoiam o efeito do manganésio na redução dos incidentes de "acama" no trigo (Gaeumannomyces graminis var. tritici).